ただしその一方で、先進国がより少ない投資や労力で済む排出取引を積極的に利用してしまうと、温室効果ガスを削減するための新たな技術やシステムの開発の必要性が薄れ、技術やシステムが広く普及してしまえば削減が難しくなり、結果的に温室効果ガスの削減が停滞することも考えられる。
また、もともと排出枠に余裕がある国・企業や、経済が後退している国・企業の余剰排出枠（＝持て余している排出枠、ホットエア）を買い取って現在以上に排出することにより、本来減少するはずの地球全体の排出量が逆に増える可能性もある。そのため、単なる数字合わせのためだけの排出取引に頼ることは問題であり、削減努力を阻害しないように、それぞれの国や企業に対して排出取引量の上限値が定められることとなっている。
排出取引の有効性を左右する最も重要な要素は排出枠の設定である。排出枠を緩く設定した場合、その国は少ない労力と費用で排出量を排出枠以下に減らした上に、削減した排出量を他国に売却することによりさらに利益を得ることになる。また、排出枠の買い手より売り手の方が多くなると市場原理に従って排出量の市場価格が下がるため、削減努力をしない方が得になってしまうことにもなる。一方で排出枠を厳しく設定した場合、多くの労力と費用で排出量を減らさなければいけない上に、排出量が排出枠を上回った場合にはさらに排出量を購入する費用がかかってしまう。これは国内排出取引制度における企業や団体も同じである。
このように、排出枠の設定の度合い次第で労力や費用に大きな差があるため、国家間、団体・企業間で排出枠設定の厳しさに差があればあるほど不公平が増す。排出枠を緩く設定させるために政治的・経済的な圧力がかかる可能性や、排出枠を少しでも緩く設定しようとする国家（企業・団体）によって排出枠の設定やそれに関連した議論が停滞する恐れもあり、公平な排出枠の設定が求められている。一見前年度の排出量を基準に排出量を設定すれば良さそうであるが、それをすると、これまで排出量削減に取り組んできた努力してきた企業が、損をする恐れがある。一方で、将来の経済成長の不確実性をなくすことはできないことなどから、ある程度の不公平は免れないという指摘もなされている。
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